Do giới tăng lữ tại Constantinople là nguyên cớ gây ra những chỉ trích nhắm vào cuộc sống giàu sang và lòng ham mê trần tục của họ, Gioan bày tỏ quyết tâm cải tổ hệ thống tăng lữ tại đây. Tuy nhiên, những nỗ lực của ông vấp phải sự chống trả mãnh liệt, và chỉ thu được kết quả rất hạn chế. Chrysostom là nhà thuyết giáo tài năng. Trong cương vị một nhà thần học, ông vẫn được xem là tiếp tục duy trì ảnh hưởng lên Cơ Đốc giáo phương Đông, và là học giả nhiều ảnh hưởng nhất của Giáo hội Hy Lạp, mặc dù ít có ảnh hưởng lên Cơ Đốc giáo phương Tây. Hơn bất cứ giáo phụ Hy Lạp nào khác, các tác phẩm của Gioan vẫn còn được yêu thích cho đến ngày nay.[3] Ông bác bỏ cách luận giải Kinh Thánh theo nghĩa bóng, nhưng luận giải cách khúc chiết, và tìm cách ứng dụng các bài học rút ra từ Kinh Thánh vào cuộc sống hằng ngày.

Sự kiện Gioan Kim Khẩu bị lưu đày cho thấy vào lúc ấy quyền lực thế tục đang khống chế Giáo hội Đông phương, cũng như hé lộ những tranh chấp giữa Constantinople và Alexandria nhằm giành quyền kiểm soát giáo hội. Trong khi đó, từ thế kỷ thứ tư, ưu thế vượt trội của Rôma là không còn gì để tranh cãi. Tuy nhiên, cũng cần lưu ý rằng mặc dù ảnh hưởng ngày càng phát triển của Giáo hoàng, sự kiện lời kháng nghị của Innocent I không được chấp thuận cho thấy sức mạnh thế tục của Giám mục thành Rôma không có mấy tác dụng tại phương Đông vào thời kỳ ấy.